معلومة

3.3: النواقل - علم الأحياء

3.3: النواقل - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

المتجهات (على غرار المصفوفات أحادية النوع في اللغات الأخرى) هي مجموعات مرتبة من أنواع بسيطة ، عادةً ما تكون أرقامًا أو أعدادًا صحيحة أو أحرفًا أو منطقية. يمكننا إنشاء ناقلات باستخدامج ()دالة (للتسلسل) ، والتي تأخذ العناصر كمعلمات لوضعها في المتجه:

الج ()يمكن للدالة أن تأخذ نواقل أخرى كمعلمات أيضًا - سوف "تفكك" جميع المتجهات الفرعية وتعود متجهًا كبيرًا واحدًا ، بدلاً من متجه من المتجهات.

يمكننا استخراج العناصر الفردية من المتجه باستخدام[]بناء الجملة؛ على الرغم من ملاحظة أنه على عكس العديد من اللغات الأخرى ، فإن العنصر الأول موجود في الفهرس 1.

الالطول()تُرجع الدالة عدد عناصر المتجه (أو أنواع مماثلة ، مثل القوائم ، والتي سنغطيها لاحقًا) كعدد صحيح:

يمكننا استخدام هذا لاستخراج العنصر الأخير من المتجه ، على سبيل المثال.

لا "بيانات عارية": المتجهات لها فئة (أ)

حتى الآن في مناقشتنا لأنواع بيانات R ، أجرينا تبسيطًا ، أو على الأقل تركنا شيئًا ما. حتى القيم الفردية مثل العدد4.6هي في الواقع نواقل بطول واحد. وهو القول ،gc_content <- 0.34يعادلgc_content <- c (0.34)، وفي كلتا الحالتين ،الطول (gc_content)سيعود1، والذي هو في حد ذاته متجه بطول واحد. ينطبق هذا على أنواع الأعداد والأعداد الصحيحة والمنطقية وأنواع الأحرف. وبالتالي ، على الأقل مقارنة باللغات الأخرى ، لا يوجد لدى R "بيانات عارية" ؛ المتجه هو أبسط وحدة من البيانات التي تمتلكها R. يعد هذا مربكًا إلى حد ما لأنواع الأحرف أكثر من الأنواع الأخرى ، حيث أن كل عنصر فردي عبارة عن سلسلة من الأحرف بأي طول (بما في ذلك السلسلة "الفارغة" المحتملة"").

هذا يفسر الكثير عن R ، بما في ذلك بعض الفضول مثل لماذاطباعة (gc_content)مطبوعات[1] 0.34. هذا الناتج يشير إلى أنgc_contentهو متجه ، العنصر الأول منه هو0.34. ضع في اعتباركseq ()دالة ، والتي ترجع متجهًا للأعداد ؛ يأخذ ثلاث معلمات:[1] (1) الرقم الذي يجب البدء عنده ، (2) الرقم الذي سيتم الانتهاء منه ، (3) حجم الخطوة.

عندما نطبع النتيجة ، سنحصل على مخرجات مثل ما يلي ، حيث يتم تنسيق قائمة الأرقام بحيث تمتد عبر عرض نافذة الإخراج.

تشير الأرقام الموجودة بين قوسين إلى أن العنصر الأول للمتجه المطبوع هو1.0، العنصر السادس عشر هو8.5، والعنصر الحادي والثلاثون هو16.0.

بالمناسبة ، لإنتاج سلسلة من الأعداد الصحيحة (بدلاً من الأرقام) ، يمكن ترك وسيطة حجم الخطوة ، كما فيseq (1،20). هذا يعادل الاختصار الشائع ،1:20.

إذا كانت جميع الأعداد الصحيحة ، والقيم المنطقية ، وما إلى ذلك هي في الواقع متجهات ، فيمكننا معرفة نوعها عن طريق تشغيلصف دراسي()تعمل عليها ، فيجب أن تكون المتجهات هي الأشياء التي نفحصها في فئة. لذا ، ماذا لو حاولنا مزج الأنواع داخل متجه ، على سبيل المثال ، من خلال تضمين عدد صحيح مع بعض المنطقية؟

ادارةطباعة (فئة (مزيج))سوف يؤدي إلى"عدد صحيح". في الواقع ، إذا حاولنا الطباعةمزجمعطباعة (مزيج)، سنجد أنه تم تحويل القيم المنطقية إلى أعداد صحيحة!

اختار R التحويلحقيقيةإلى1وخاطئةإلى0؛ هذه قيم ثنائية قياسية للصواب والخطأ ، بينما لا توجد قيمة منطقية قياسية لعدد صحيح معين. وبالمثل ، إذا تمت إضافة رقم ، فسيتم تحويل كل شيء إلى رقم.

وإذا تمت إضافة سلسلة أحرف ، يتم تحويل كل شيء إلى سلسلة أحرف (مع3.5تصبح"3.5",حقيقيةتصبح"حقيقية"، وما إلى ذلك وهلم جرا).

باختصار ، المتجهات هي الوحدة الأساسية للبيانات في R ، ولا يمكنها مزج الأنواع - R ستحول تلقائيًا أي أنواع مختلطة في متجه واحد إلى "قاسم مشترك أدنى" ، بالترتيب المنطقي (الأكثر تحديدًا) ، عدد صحيح ، رقمية ، شخصية (الأكثر عمومية). يمكن أن يؤدي هذا في بعض الأحيان إلى أخطاء يصعب العثور عليها ، خاصة عند قراءة البيانات من ملف. إذا كان الملف يحتوي على عمود لما يبدو أنه أرقام ، ولكن لا يمكن تفسير عنصر واحد كرقم ، فقد يتم تحويل المتجه بأكمله إلى نوع حرف بدون تحذير أثناء قراءة الملف. سنناقش قراءة البيانات من الملفات النصية بعد فحص المتجهات وخصائصها.

نواقل فرعية ، استبدال انتقائي

ضع في اعتبارك حقيقة أنه يمكننا استخدامها[]بناء الجملة لاستخراج عناصر مفردة من المتجهات:

بناءً على ما سبق ، نعلم أن ملف20المستخرج هو متجه بطول واحد. ال2المستخدم بين الأقواس هو أيضًا متجه بطول واحد ؛ وبالتالي فإن السطر أعلاه يعادلsecond_el <- أرقام [c (2)]. هل هذا يعني أنه يمكننا استخدام متجهات أطول لاستخراج العناصر؟ نعم!

في الواقع ، تم وضع العناصر المستخرجة في المتجه الناتج ثنائي العنصر بالترتيب الذي تم استخلاصها به (العنصر الثالث متبوعًا بالعنصر الثاني). يمكننا استخدام صيغة مماثلة لاستبدال العناصر بشكل انتقائي بمؤشرات محددة في المتجهات.

الاستبدال الانتقائي هي عملية استبدال العناصر المحددة لمتجه (أو بنية مماثلة) عن طريق تحديد العناصر التي يجب استبدالها[]بناء جملة الفهرسة مع الواجب<-.[2]

يمكن تسمية متجهات R (والعديد من أنواع حاويات البيانات الأخرى) ، أي مرتبطة بمتجه حرف بنفس الطول. يمكننا تعيين ثم الحصول على متجه الأسماء هذا باستخدامأسماء ()وظيفة ، ولكن بناء الجملة غريب بعض الشيء.

النواقل المسماة ، عند طباعتها ، تعرض أسمائها أيضًا. النتيجة من فوق:

قد لا تبدو المتجهات المسماة مفيدة الآن ، ولكن المفهوم سيكون مفيدًا جدًا لاحقًا. تعطينا المتجهات المسماة طريقة أخرى للتجميع الجزئي والاستبدال الانتقائي في المتجهات: بالاسم.

على الرغم من أن R لا تفرضها ، يجب أن تكون الأسماء فريدة لتجنب الالتباس عند التحديد أو الاستبدال الانتقائي بهذه الطريقة. بعد تحديث درجات الطالب "أ" والطالب "ب" ، ينعكس التغيير في المخرجات:

هناك طريقة واحدة نهائية وقوية للغاية لتقسيم المتجه واستبداله بشكل انتقائي: بواسطة المتجه المنطقي. من خلال الفهرسة باستخدام متجه منطقي له نفس طول المتجه المراد فهرسته ، يمكننا فقط استخراج العناصر التي يكون للمتجه المنطقي فيهاحقيقيةالقيمة.

بينما تسمح لنا الفهرسة برقم الفهرس والاسم باستخراج العناصر بأي ترتيب معين ، فإن الفهرسة بالمنطق لا تتيح لنا هذا الاحتمال.

يمكننا إجراء الاستبدال الانتقائي بهذه الطريقة أيضًا ؛ لنفترض أن الطلاب "أ" و "ج" قد أعادوا إجراء الاختبارات الخاصة بهم وحسّنوا درجاتهم بشكل معتدل.

والإخراج المطبوع:

في هذه الحالة ، طول المتجه البديل (ج (159 ، 169)) يساوي عددحقيقيةالقيم في متجه الفهرسة (ج (صحيح ، خطأ ، صحيح)) ؛ سنستكشف ما إذا كان هذا أحد المتطلبات أدناه.

باختصار ، لدينا ثلاث طرق مهمة للفهرسة / الاختيار من / الاستبدال الانتقائي في المتجهات:

  1. من خلال ناقل رقم الفهرس ،
  2. حسب متجه الحرف (إذا تم تسمية المتجه) ، و
  3. بواسطة المتجه المنطقي.

العمليات الموجهة ، قيم NA

إذا كانت المتجهات هي الوحدة الأساسية للبيانات في R ، فإن جميع الوظائف والمشغلين الذين كنا نعمل معهم -as.numeric (),*، وحتى المقارنات مثل>—عمل ضمنيًا على نواقل كاملة.

في هذا المثال ، تم تحويل كل عنصر من عناصر متجه الحرف ، بحيث يكونفئة (عددية)سيعود"رقمية". سلسلة الأحرف الأخيرة ،"9b3x"، لا يمكن تحويله بشكل معقول إلى نوع رقمي ، ولذلك تم استبداله بـغير متوفر. عندما يحدث هذا ، يُصدر المترجم رسالة تحذير:أدخلت الوافدين الجدد بالإكراه.

غير متوفرهي قيمة خاصة في R تشير إما إلى بيانات مفقودة أو فشل حساب من نوع ما (كما هو الحال في محاولة التحويل"9b3x"إلى رقم). تتضمن معظم العملياتغير متوفرتعود القيمغير متوفرالقيم؛ على سبيل المثال،غير متوفر + 3عائداتغير متوفر، والعديد من الوظائف التي تعمل على نواقل كاملة تعيدغير متوفرإذا كان أي عنصرغير متوفر. مثال قانوني هويقصد()وظيفة.

غالبًا ما تتضمن هذه الوظائف معلمة اختيارية يمكننا تقديمها ،na.rm = TRUE، مع تحديد ذلكغير متوفريجب إزالة القيم قبل تشغيل الوظيفة.

في حين أن هذا مناسب ، هناك طريقة لنا للإزالةغير متوفرالقيم من أي متجه (انظر أدناه).

تشمل القيم الخاصة الأخرى في Rن، بالنسبة إلى "ليس رقمًا" ، يتم إرجاعها بواسطة عمليات حسابية مثل الجذر التربيعي للرقم -1 ،الجذر التربيعي (-1)، والمشاةلـ "إنفينيتي" ، المُعاد بحسابات مثل1/0. (Inf / Infبالمناسبة ، يعودن.)

بالعودة إلى مفهوم العمليات الموجهة ، العمليات الحسابية البسيطة مثل+,*,/,-,^(الأس) و%%(المعامل) متجه أيضًا ، مما يعني أن تعبيرًا مثل3 * 7يعادلج (3) * ج (7). عندما تكون المتجهات أطول من عنصر واحد ، تتم العملية على أساس كل عنصر على حدة.

إذا أخذنا في الاعتبار*العامل ، يأخذ مدخلين (رقمي أو صحيح) ويعيد ناتج (رقمي أو عدد صحيح) لكل زوج من المتجهات. هذا مشابه تمامًا للمقارنة>، والتي تأخذ مدخلين (رقمي أو عدد صحيح أو حرف) وترجع منطقيًا.

ماذا يحدث إذا حاولنا ضرب متجهين ليسا نفس الطول؟ اتضح أنه سيتم إعادة استخدام الأقصر من الاثنين حسب الحاجة ، في عملية تعرف باسم ناقلات إعادة التدوير، أو إعادة استخدام المتجه الأقصر في عملية متجهية.

يعمل هذا بشكل جيد عند العمل مع متجهات بطول واحد مقابل متجهات أطول ، لأنه سيتم إعادة تدوير متجه الطول الأول حسب الحاجة.

إذا لم يكن طول المتجه الأطول مضاعفًا لطول الأقصر ، فإن إعادة التدوير الأخيرة ستنتقل جزئيًا فقط.

عندما يحدث هذا ، يقوم المترجم الفوري بطباعة تحذير:الطول الأطول للكائن ليس من مضاعفات الطول الأقصر للكائن. هناك حالات قليلة لا يكون فيها هذا النوع من إعادة التدوير الجزئي حادثًا ، ويجب تجنبه.

تنطبق إعادة تدوير ناقلات الأمراض أيضًا على الاستبدال الانتقائي ؛ على سبيل المثال ، يمكننا بشكل انتقائي استبدال أربعة عناصر لمتجه بعناصر من متجه ثنائي العنصر:

في كثير من الأحيان سنقوم باستبدال عناصر المتجه بشكل انتقائي بمتجه بطول واحد.

هذه المفاهيم ، عند دمجها مع فهرسة المتجهات بأنواع مختلفة ، تكون قوية جدًا. اعتبر أن تعبير مثلالقيم> 35هو نفسه متجه ، مع المتجه الأقصر (عقد فقط35) يتم إعادة تدويرها بحيث يكون ما يتم إرجاعه متجهًا منطقيًاحقيقيةحيث العناصرالقيمأكبر من35. يمكننا استخدام هذا المتجه كمتجه فهرسة للاستبدال الانتقائي إذا أردنا.

أكثر إيجازًا ، بدلاً من إنشاء متغير مؤقت لـselect_vec، يمكننا وضع التعبيرالقيم> 35مباشرة بين قوسين.

وبالمثل ، يمكننا استخدام نتيجة شيء مثلالقيم الرئيسية)لاستبدال جميع عناصر المتجه الأكبر من المتوسط ​​بـ0بسهولة ، بغض النظر عن ترتيب العناصر!

في كثير من الأحيان ، سنرغب في استخراج مثل هذه القيم باستخدام التحديد المنطقي.

تعد هذه الأنواع من التحديدات الموجهة ، خاصةً عند دمجها مع المتجهات المنطقية ، جزءًا قويًا ومهمًا من R ، لذا قم بدراستها حتى تكون واثقًا من التقنية.

تمارين

  1. افترض لديناصكمجموعة من الأرقام من 1 إلى 30 في خطوات 0.3 ؛ص <- تسلسل (1 ، 30 ، 0.3). باستخدام فقطكما عدد صحيح ()الوظيفة والفهرسة المنطقية والمقارنات مثل>، توليد تسلسلr_decimalsالذي يحتوي على جميع قيمصالتي ليست دائرية الأعداد الصحيحة. (أي أنه يجب أن يحتوي على جميع قيمصباستثناء 1.0 و 2.0 و 3.0 وما إلى ذلك. يجب أن يكون هناك 297 منهم.)
  2. ذكرنا بإيجاز%%، أو عامل التشغيل "modulus" ، الذي يعرض باقي الرقم بعد قسمة عدد صحيح (على سبيل المثال ،4 %% 3 == 1و4 %% 4 == 0؛ هو أيضا vectorized). نظرا لأي ناقلص، على سبيل المثالص <- تسلسل (1 ، 30 ، 0.3)، تنتج ناقلاتr_ كل_آخرالذي يحتوي على كل عنصر آخر منص. من المحتمل أن ترغب في استخدام%%، ال==مقارنة المساواة ، وقد ترغب أيضًا في استخدامهاseq ()لتوليد متجه من المؤشرات بنفس طولص.

    افعل الشيء نفسه مرة أخرى ، ولكن قم بتعديل الكود لاستخراج كل عنصر ثالث منصفي متجه يسمىص_الثالث.

  3. من الفصل 27 ، "المتغيرات والبيانات" ، نعلم أن المقارنات مثل==,!=,>=متوفرة كذلك. علاوة على ذلك ، نحن نعرف ذلك!ينفي قيم المتجه المنطقي ، بينما&يجمع بين متجهين منطقيين مع "و" و|يجمع بين متجهين منطقيين مع "أو." استخدم هذه ، جنبًا إلى جنب مع%%المشغل الذي تمت مناقشته أعلاه ، لإنتاج متجهdiv_3_4من جميع الأعداد الصحيحة بين 1 و 1000 (شامل) التي تقبل القسمة بالتساوي على 3 وقابلة للقسمة بالتساوي على 4. (هناك 83 منهم).not_div_5_6، من الأعداد التي لا تقبل القسمة بالتساوي على 5 أو 6. (هناك 667 منهم. على سبيل المثال ، يجب عدم تضمين 1000 لأنها قابلة للقسمة على 5 ، ويجب عدم تضمين 18 لأنها تقبل القسمة على 6 ، ولكن 34 يجب أن يكون لأنه لا يقبل القسمة على أي منهما.)

وظائف المتجهات المشتركة

نظرًا لأن المتجهات (على وجه التحديد المتجهات الرقمية) منتشرة في كل مكان ، فإن R لديها العشرات (المئات ، في الواقع) من الوظائف التي تقوم بأشياء مفيدة معها. في حين أننا لا نستطيع تغطيتها جميعًا ، يمكننا بسرعة تغطية القليل منها والذي سيكون مهمًا في الفصول المستقبلية.

أولاً ، لقد رأينا بالفعلseq ()والطول()المهام؛ الأول يولد متجهًا رقميًا يشتمل على تسلسل من الأرقام ، ويرجع الأخير طول المتجه كمتجه عدد صحيح أحادي العنصر.

قدم بدون مثال ،يقصد(),sd ()، والوسيط()إرجاع المتوسط ​​والانحراف المعياري والوسيط لمتجه رقمي ، على التوالي. (بشرط ألا تكون أي من عناصر الإدخالغير متوفر، على الرغم من قبول الثلاثة جميعًاna.rm = TRUEالمعلمة.) التعميمالوسيط()، الكمية ()تقوم الدالة بإرجاع صالنسبة المئوية لدالة ، أو النسب المئوية المتعددة إذا كانت الوسيطة الثانية تحتوي على أكثر من عنصر واحد.

الإخراج عبارة عن متجه رقمي مسمى:

الفريدة من نوعها()تزيل الوظيفة التكرارات في المتجه ، تاركة العناصر المتبقية بترتيب تواجدها الأول ، ومراجعة ()وظيفة تعكس متجه.

هنالك النوع()دالة ، التي تفرز متجهًا (بالترتيب الطبيعي للأعداد والأعداد الصحيحة ، وترتيب المعجم (القاموس) لمتجهات الأحرف). ربما يكون أكثر إثارة للاهتمام هوترتيب()دالة ، والتي تُرجع متجهًا صحيحًا للمؤشرات التي تصف المكان الذي يجب أن توضع فيه العناصر الأصلية للمتجه لإنتاج ترتيب تم فرزه.

في هذا المثال ، متجه الطلب ،2 5 3 4 1، يشير إلى أن العنصر الثاني منrev_uniqسيأتي أولاً ، يليه الخامس ، وهكذا. وبالتالي يمكننا إنتاج نسخة مرتبة منrev_uniqمعrev_uniq [order_rev_uniq](بفضل الاختيار المستند إلى فهرس النواقل) ، أو بشكل أكثر إيجازًا معrev_uniq [الأمر (rev_uniq)].

الأهم من ذلك ، أن هذا يسمح لنا بإعادة ترتيب نواقل متعددة بترتيب مشترك يحدده واحد. على سبيل المثال ، بالنظر إلى متجهين ،هوية شخصيةونتيجة، والتي تعتبر ذات صلة بالعناصر ، قد نقرر إعادة ترتيب كلتا المجموعتين بالترتيب الأبجدي لـهوية شخصية.

العينة()تقوم الدالة بإرجاع عينة عشوائية من متجه بحجم معين ، إما باستبدال أو بدون كما هو محدد فياستبدال =معامل (خاطئةهو الإعداد الافتراضي إذا لم يتم تحديده).

الاعادة عد()تكرر الدالة متجهًا لإنتاج متجه أطول. يمكننا التكرار بطريقة عنصر تلو الآخر ، أو على المتجه بأكمله ، اعتمادًا على ما إذا كانكل =يتم استخدام المعلمة أم لا.

أخيرًا (وليس آخرًا) لهذه المناقشة هو ملفis.na ()دالة: معطى متجه مع العناصر التي يحتمل أن تكونغير متوفرالقيم ، فإنها ترجع متجهًا منطقيًا للعناصر الكاملةحقيقيةفي المؤشرات حيث كان الأصلغير متوفر، مما يسمح لنا بالإشارة بسهولة إلى عناصر المتجهاتغير متوفروإزالتها.

لاحظ استخدام علامة التعجب المذكورة أعلاه لإلغاء المتجه المنطقي الذي تم إرجاعه بواسطةis.na ().

يتفوق R في العمل مع التوزيعات الاحتمالية ، بما في ذلك توليد عينات عشوائية منها. يتم دعم العديد من التوزيعات ، بما في ذلك Normal (Gaussian) و Log-Normal و Exponential و Gamma و Student’s ر، وما إلى ذلك وهلم جرا. هنا سنلقي نظرة على إنشاء عينات من عدد قليل لاستخدامها في الأمثلة المستقبلية.

لأول مرةrnorm ()تنشئ الدالة متجهًا رقميًا بطول معين مأخوذ من التوزيع العادي بمتوسط ​​محدد (معيعني =) والانحراف المعياري (معsd =).

وبالمثل ، فإنرونيف ()عينات وظيفية من توزيع موحد مقيد بحد أدنى وأقصى قيمة.

الrexp ()يولد البيانات من التوزيع الأسي بمعامل "معدل" معين ، يتحكم في معدل انحلال دالة الكثافة (سيقترب متوسط ​​العينات الكبيرة1.0 / معدل).

يتضمن R عددًا كبيرًا من الاختبارات الإحصائية ، على الرغم من أننا لن نغطي الكثير في طريق الإحصائيات بخلاف بعض أمثلة القيادة. الt. اختبار ()تعمل وظيفة الطالب على الوجهين ر-اختبار مقارنة بين وسائل اثنين من النواقل. ما يتم إرجاعه هو نوع بيانات أكثر تعقيدًا مع فئة"htest".

عند طباعته ، يقوم نوع البيانات المعقد هذا بتنسيق نفسه في إخراج لطيف يمكن للبشر قراءته:

قراءة وكتابة البيانات الجدولية ، وتغليف الأسطر الطويلة

قبل أن نذهب إلى أبعد من ذلك ، نرغب في أن نكون قادرين على استيراد البيانات إلى برامج R الخاصة بنا من الملفات الخارجية (والتي سنفترض أنها صفوف وأعمدة بيانات في ملفات نصية). سنفعل هذا معread.table ()، وستكون النتيجة نوعًا من البيانات يُعرف باسم "إطار البيانات" (أوالبياناتفي الكود). سنغطي الفروق الدقيقة في إطارات البيانات لاحقًا ، ولكن لاحظ في الوقت الحالي أنه يمكن اعتبارها مجموعة من المتجهات (متساوية الطول) ، واحدة لكل عمود في الجدول.

على سبيل المثال ، لنفترض أن لدينا ملفًا نصيًا مفصولاً بعلامات جدولة في دليل العمل الحالي يسمى state.txt.[3] يمثل كل صف إحدى الولايات الأمريكية إلى جانب معلومات عن السكان ودخل الفرد ومعدل الأمية ومعدل القتل (لكل 100.000) والنسبة المئوية لخريجي المدارس الثانوية والمنطقة (تم قياسها جميعًا في السبعينيات). يحتوي الصف الأول على سطر "رأس" بأسماء الأعمدة.

لاحقًا في الملف ، قرر شخص ما إضافة تعليق توضيحي على سطر ميشيغان ، مشيرًا إلى الحالة "القزمية":

مثل معظم الوظائف ،read.table ()يأخذ العديد من المعلمات المحتملة (23 ، في الواقع) ، ولكن معظمها لديه افتراضات معقولة. ومع ذلك ، هناك خمسة أو نحو ذلك سنحتاج إلى ضبطها. بسبب الحاجة إلى تعيين العديد من المعلمات ، باستخدامread.table ()غالبًا ما ينتج عنه سطر طويل من التعليمات البرمجية. لحسن الحظ ، يسمح لنا مترجم R بفصل الأسطر الطويلة على عدة أسطر ، طالما أن كل سطر ينتهي بحرف لا يكمل التعبير (لذلك يعرف المترجم أنه يحتاج إلى مواصلة قراءة الأسطر التالية قبل تنفيذها). اختيارات الأحرف الشائعة هي الفاصلة وعلامة الجمع. عندما نلف سطرًا طويلًا بهذه الطريقة ، فمن المعتاد وضع مسافة بادئة للأسطر التالية للإشارة إلى استمرارها بطريقة مرئية.

عند القراءةstate.txt، الملف =تحدد المعلمة اسم الملف المراد قراءته ، بينمارأس = TRUEيشير للمترجم الفوري إلى أن السطر الأول في الملف يعطي أسماء الأعمدة (بدونها ، ستكون أسماء الأعمدة"V1","V2","V3"وما إلى ذلك وهلم جرا). الsep = " t"تشير المعلمة إلى أن أحرف الجدولة تُستخدم لفصل الأعمدة في الملف (الافتراضي هو أي مسافة بيضاء) ، وcomment.char = "#"يدل علي#يجب تجاهل الأحرف وأي شيء بعدهم أثناء قراءة الملف (وهو أمر مناسب ، كما يتضح من# قفازالتعليق التوضيحي في الملف). الstringsAsFactors = خطأالمعلمة أكثر تشفيرًا: فهي تخبر المترجم الفوري بترك أعمدة متجه الشخصية (مثلمنطقةفي هذا المثال) كمتجهات شخصية ، بدلاً من تحويلها إلى أكثر تعقيدًاعاملنوع البيانات (ستتم تغطيته في فصول لاحقة).

في هذه المرحلة ، فإنتنص علىمتغير يحتوي على إطار البيانات الذي يحمل أعمدة (ناقلات) البيانات. يمكننا طباعته باستخدامطباعة (الدول)، ولكن النتيجة هي قدر كبير من المخرجات:

قد يكون من الأفضل استخراج أول 10 صفوف من البيانات وطباعتها ، وهو ما يمكننا فعله باستخدام ملفرئيس()وظيفة (رئيس()يمكن أيضًا استخراج العناصر القليلة الأولى من متجه طويل).

وظائفnrow ()وncol ()يُرجع عدد الصفوف والأعمدة في إطار البيانات ، على التوالي (وهو ما يُفضل علىالطول()، والتي تُرجع عدد الأعمدة) ؛ القاتمة ()دالة ترجع متجهًا ثنائي العنصر مع عدد الصفوف (في الفهرس 1) وعدد الأعمدة (في الفهرس 2).

كما ذكرنا سابقًا ، فإن الأعمدة الفردية لإطار البيانات هي (دائمًا تقريبًا) متجهات. للوصول إلى أحد هذه النواقل الفردية ، يمكننا استخدام خاص$بناء الجملة ، مع اسم العمود الذي يلي$.

طالما أن اسم العمود بسيط بدرجة كافية (على وجه الخصوص ، طالما أنه لا يحتوي على أية مسافات) ، فيمكن حذف علامات الاقتباس حول اسم العمود (وغالبًا ما يتم حذفها).

على الرغم من أنه يمكن استخدام بناء الجملة هذا لاستخراج عمود من إطار البيانات كمتجه ، لاحظ أنه يشير إلى المتجه داخل إطار البيانات أيضًا. بمعنى ما ،ينص على الدخل دولاريكون المتجه المخزن في ملفتنص علىإطار البيانات. وبالتالي يمكننا استخدام تقنيات مثل الاستبدال الانتقائي للعمل معهم تمامًا مثل أي ناقلات أخرى. هنا ، سنستبدل جميع حالات "North Central" فيالدول $ المنطقةمتجه بمصطلح "مركزي" فقط ، مما يؤدي إلى إعادة تسمية المنطقة بشكل فعال.[4]

تتم كتابة إطار بيانات إلى ملف مفصول بعلامات جدولة باستخدام الامتدادwrite.table ()وظيفة.[5] كما هو الحال معread.table (),write.table ()يمكن أن يستغرق عددًا غير قليل من المعلمات ، ومعظمها يحتوي على قيم افتراضية معقولة. ولكن هناك ستة أو نحو ذلك سنرغب في تعيينها أكثر من غيرنا. دعونا نكتب التعديلتنص علىإطار البيانات إلى ملف يسمىstate_modified.txtكملف مفصول بعلامات جدولة.

المعلمتان الأوليان هنا هما إطار البيانات المراد الكتابة إليه واسم الملف المراد الكتابة إليه. الاقتباس = خطأتحدد المعلمة أنه لا ينبغي كتابة علامات الاقتباس حول أنواع الأحرف في الإخراج (لذا فإن ملفاسمالعمود سيكون له إدخالات مثلألاباماوألاسكابدلا من"ألاباما"و"ألاسكا"). الsep = " t"يشير إلى أن علامات التبويب يجب أن تفصل بين الأعمدة ، بينماrow.names = FALSEيشير إلى أنه لا ينبغي كتابة أسماء الصفوف (لأنها لا تحتوي على أي معلومات ذات معنى لإطار البيانات هذا) ، وcol.names = TRUEيشير إلى أننا نريد إخراج أسماء الأعمدة إلى السطر الأول من الملف كسطر "رأس".

R و Unix / Linux Command Line

في الفصل 26 ، "مقدمة" ، ذكرنا أنه يمكن تشغيل البرامج النصية R من سطر الأوامر باستخدام#! / usr / bin / env Rscriptبيئة قابلة للتنفيذ. (تتطلب الإصدارات الأقدم من R من المستخدم تشغيل أمر مثلاسم البرنامج النصي R CMD BATCH.R، ولكن اليوم باستخدامRscriptمفضل.) لقد كرسنا مزيدًا من المناقشة لربط Python ببيئة سطر الأوامر أكثر مما سنستخدمه في R ، ويرجع ذلك جزئيًا إلى أن R لا تُستخدم بهذه الطريقة بشكل متكرر ، ولكن أيضًا لأنها سهلة للغاية.

عند استخدامread.table ()، على سبيل المثال ، يمكن قراءة البيانات من الإدخال القياسي باستخدام اسم الملف"stdin". أي شيء يتم طباعته من برنامج نصي R ينتقل إلى الإخراج القياسي افتراضيًا. نظرًا لأن R يقوم بقدر لا بأس به من التنسيق عند الطباعة ، فإنه غالبًا ما يكون أكثر ملاءمة لطباعة إطارات البيانات باستخدامwrite.table ()تحديدملف = "".

أخيرًا ، للحصول على معلمات سطر الأوامر في برنامج نصي R كموجه حرف ، السطرargs <- commandArgs (تتبع فقط = TRUE)سيفي بالغرض. إليك نص برمجي بسيط يقرأ جدولًا عن الإدخال القياسي ، ويكتبه في الإخراج القياسي ، وأيضًا يقرأ ويطبع أي وسيطات سطر أوامر:

حاول جعل هذا البرنامج النصي قابلاً للتنفيذ في سطر الأوامر ، وتشغيله على p450s_blastp_yeast_top1.txt بشيء مثلالقط p450s_blastp_yeast_top1.txt | ./stdin_stdout_ex.R arg1 "arg 2".

تمارين

  1. لنفترض أن لدينا متجهًا رقميًا بطول فردي (على سبيل المثال ،العينة <- ج (3.2 ، 5.1 ، 2.5 ، 1.6 ، 7.9)أوعينة <- رونيف (25 ، دقيقة = 0 ، حد أقصى = 1)). اكتب بعض أسطر التعليمات البرمجية التي تؤدي إلى طباعة وسيط المتجه ، بدون باستخدامالوسيط()أوكمية ()المهام. قد تجد ملفالطول()وكما عدد صحيح ()لتكون مفيدة.
  2. لوعينةهي عينة من التوزيع الأسي ، على سبيل المثال ،العينة <- rexp (1000 ، المعدل = 1.5)، فسيكون متوسط ​​العينة بشكل عام أصغر من المتوسط. توليد ناقلات ،بين متوسط_متوسط، الذي يحتوي على جميع قيمعينةأكبر من (أو يساوي) متوسط ​​العينة ، وأقل من (أو يساوي) متوسط ​​العينة.
  3. اقرأ في state.txt ملف في إطار البيانات كما هو موضح. استخراج متجه رقمي يسمىkill_lowincomeتحتوي على معدلات جرائم قتل في الولايات التي يقل دخل الفرد فيها عن متوسط ​​دخل الفرد (يمكنك استخدامالوسيط()وظيفة هذه المرة). وبالمثل ، استخرج متجهًا يسمىkill_highincomeتحتوي على معدلات جرائم قتل في الولايات التي يزيد فيها (أو يساوي) متوسط ​​دخل الفرد. قم بتشغيل نموذجينt. اختبار ()لتحديد ما إذا كان متوسط ​​معدلات القتل يختلف بين هاتين المجموعتين.
  4. يتركتنص علىيكون إطار بيانات معلومات الدولة الموصوف أعلاه. صف ما تفعله العمليات المختلفة أدناه من حيث الفهرسة والاستبدال الانتقائي وإعادة التدوير المتجه وأنواع البيانات المعنية (على سبيل المثال ، المتجهات الرقمية والمتجهات المنطقية). لتبدأ ، يضيف السطر الأول عمودًا جديدًا إلى ملفتنص علىدعا إطار البيانات"newpop"الذي يحتوي على نفس المعلومات مثل"تعداد السكان"عمودي.
  5. حدد عدد المناطق الفريدة المدرجة في ملفتنص علىإطار البيانات. حدد عدد المناطق الفريدة التي تمثلها الولايات التي يزيد دخلها عن المتوسط.
  6. ماذا يكون المجموع()تقرير دالة لمتجه رقميج (2 ، 3 ، 0 ، 1 ، 0 ، 2)؟ ماذا عنج (1 ، 0 ، 0 ، 1 ، 1 ، 0)؟ وأخيرًا ، ماذا عن المتجه المنطقيج (صحيح ، خطأ ، خطأ ، صحيح ، صحيح ، خطأ)؟ كيف يمكن أنمجموع()وبالتالي تكون مفيدة في سياق منطقي؟


3.3 إضافة وطرح المتجهات: الطرق التحليلية

تستخدم الطرق التحليلية لجمع وطرح المتجهات الهندسة وعلم المثلثات البسيط بدلاً من المسطرة والمنقلة للطرق الرسومية. يتم الاحتفاظ بجزء من التقنية الرسومية ، لأنه لا يزال يتم تمثيل المتجهات بواسطة الأسهم لتسهيل التصور. ومع ذلك ، فإن الطرق التحليلية أكثر إيجازًا ودقة ودقة من الطرق الرسومية ، والتي تقتصر على الدقة التي يمكن بها عمل الرسم. تقتصر الطرق التحليلية فقط على الدقة والدقة في معرفة الكميات الفيزيائية.

حل متجه إلى مكونات عمودية

تسير التقنيات التحليلية والمثلثات القائمة جنبًا إلى جنب في الفيزياء لأن (من بين أشياء أخرى) الحركات على طول الاتجاهات العمودية مستقلة. نحتاج غالبًا إلى فصل المتجه إلى مكونات متعامدة. على سبيل المثال ، بالنظر إلى متجه مثل A حجم 12 <> في الشكل 3.26 ، قد نرغب في العثور على متجهين متعامدين ، A x A x الحجم 12 >> <> وحجم A y A y 12 >> <> ، أضف لإنتاجه.


3.3 إضافة وطرح المتجهات: الطرق التحليلية

تدعم المعلومات الواردة في هذا القسم أهداف التعلم والممارسات العلمية لـ AP® التالية:

  • 3-أ -1-1 يستطيع الطالب التعبير عن حركة كائن ما باستخدام التمثيلات السردية والرياضية والرسومية. (S.P. 1.5، 2.1، 2.2)

تستخدم الطرق التحليلية لجمع وطرح المتجهات الهندسة وعلم المثلثات البسيط بدلاً من المسطرة والمنقلة للطرق الرسومية. يتم الاحتفاظ بجزء من التقنية الرسومية ، لأنه لا يزال يتم تمثيل المتجهات بواسطة الأسهم لتسهيل التصور. ومع ذلك ، فإن الطرق التحليلية أكثر إيجازًا ودقة ودقة من الطرق الرسومية ، والتي تقتصر على الدقة التي يمكن بها عمل الرسم. تقتصر الطرق التحليلية فقط على الدقة والدقة في معرفة الكميات الفيزيائية.

حل متجه إلى مكونات عمودية

تسير التقنيات التحليلية والمثلثات القائمة جنبًا إلى جنب في الفيزياء لأن (من بين أشياء أخرى) الحركات على طول الاتجاهات العمودية مستقلة. نحتاج غالبًا إلى فصل المتجه إلى مكونات متعامدة. على سبيل المثال ، بالنظر إلى متجه مثل A حجم 12 <> في الشكل 3.26 ، قد نرغب في العثور على متجهين متعامدين ، A x A x الحجم 12 >> <> وحجم A y A y 12 >> <> ، أضف لإنتاجه.


البيولوجيا التركيبية ، الجزء أ

ماريا كارلسون. Martin Fussenegger ، في طرق في علم الإنزيمات ، 2011

الملخص

تمثل أنظمة التعبير المحرض التقنية التأسيسية لظهور البيولوجيا التركيبية في خلايا الثدييات. الجزيئات الأساسية في هذه الأنظمة عبارة عن بروتينات منظم للبكتيريا ترتبط أو تنفصل عن تسلسل مشغل DNA المشابه استجابةً لمحفز خارجي مثل محفز جزيء صغير. في هذا الفصل ، نصف بروتوكولًا عامًا لكيفية تطبيق بروتينات منظم البكتيريا على تصميم وبناء وتحسين نظام التعبير المحرض في خلايا الثدييات. عن طريق اختيار بروتينات منظم مع محفز جزيء صغير مناسب ، يوفر هذا البروتوكول نهجًا مباشرًا لإنشاء أجهزة استشعار حيوية أو أنظمة اتصال من خلية إلى خلية أو أدوات للتحكم في التعبير الجيني في الجسم الحي.


أمراض تنتقل بواسطة الحشرات

الأمراض المنقولة بالنواقل هي أمراض بشرية تسببها الطفيليات والفيروسات والبكتيريا التي تنتقل عن طريق النواقل. هناك أكثر من 700000 حالة وفاة كل عام بسبب أمراض مثل الملاريا وحمى الضنك وداء البلهارسيات وداء المثقبيات الأفريقي البشري وداء الليشمانيات ومرض شاغاس والحمى الصفراء والتهاب الدماغ الياباني وداء كلابية الذنب.

إن عبء هذه الأمراض أعلى في المناطق المدارية وشبه الاستوائية ، وهي تؤثر بشكل غير متناسب على أفقر السكان. منذ عام 2014 ، أصابت فاشيات كبيرة لحمى الضنك والملاريا والشيكونغونيا والحمى الصفراء وزيكا السكان ، وأودت بحياة الناس ، وأثارت النظم الصحية في العديد من البلدان. تتسبب أمراض أخرى مثل الشيكونغونيا وداء الليشمانيات وداء الفيلاريات اللمفي في معاناة مزمنة ومراضة مدى الحياة وإعاقة ووصم في بعض الأحيان.

يتم تحديد توزيع الأمراض المنقولة بالنواقل من خلال مجموعة معقدة من العوامل الديموغرافية والبيئية والاجتماعية. السفر والتجارة العالمية ، والتحضر غير المخطط له ، و en


البروتينات 14-3-3: منظمات التمثيل الغذائي للنبات واستجابات الإجهاد

K. Li ، كلية علوم وتكنولوجيا الحياة ، جامعة كونمينغ للعلوم والتكنولوجيا ، كونمينغ ، الصين.

كلية علوم وتكنولوجيا الحياة ، جامعة كونمينغ للعلوم والتكنولوجيا ، كونمينغ ، الصين

كلية علوم وتكنولوجيا الحياة ، جامعة كونمينغ للعلوم والتكنولوجيا ، كونمينغ ، الصين

كلية علوم وتكنولوجيا الحياة ، جامعة كونمينغ للعلوم والتكنولوجيا ، كونمينغ ، الصين

K. Li ، كلية علوم وتكنولوجيا الحياة ، جامعة كونمينغ للعلوم والتكنولوجيا ، كونمينغ ، الصين.

الملخص

ترتبط البروتينات 14-3-3 وتعديل نشاط البروتينات المفسفرة التي تنظم مجموعة متنوعة من عمليات التمثيل الغذائي في النباتات. على مدى العقد الماضي ، ازداد الاهتمام بمجال النبات 14-3-3 بشكل كبير ، ويرجع ذلك أساسًا إلى العدد الهائل من الآليات التي تنظم بواسطتها بروتينات 14-3-3 عملية التمثيل الغذائي. مع تطور هذا المجال ، من الضروري فهم دور هذه البروتينات في استجابات التمثيل الغذائي والتوتر. تلخص هذه المراجعة المعرفة الحالية حول 14-3-3 بروتينات في النباتات ، بما في ذلك تركيبها الجزيئي ووظيفتها ، وآليتها التنظيمية وأدوارها في استقلاب الكربون والنيتروجين واستجابات الإجهاد. نبدأ بالتحليل الهيكلي الجزيئي لبروتينات 14-3-3 ، والذي يصف المبادئ الأساسية لوظيفة 14-3-3 ، ثم نناقش الآليات والأدوار التنظيمية في استقلاب الكربون والنيتروجين لبروتينات 14-3-3. نختتم بملخص للاستجابة 14-3-3 للإجهاد الحيوي والإجهاد اللاأحيائي.


مقدمة

تشارك Phosphoinositides في العديد من مسارات نقل الإشارات في الخلايا حقيقية النواة (Clarke ، 2003). فوسفاتيديلينوسيتول 4-فوسفات [بتدنس [4)ص] ، دهن ضروري للإفراز في الخميرة (Walch-Solimena and Novick ، ​​1999) يتم إنتاجه من فوسفاتيديلينوسيتول-4،5-ثنائي الفوسفات [PtdIns (4،5)ص2] بواسطة نشاط PI (4،5) P2-5-فوسفاتاز أو من فوسفاتيديلينوسيتول (PtdIns) عن طريق نشاط فوسفاتيديلينوسيتول-4 كينازات (PI4-كينازات) (De Matteis and Godi ، 2004a). يتم تجميع كينازات PI4 في النوع الثاني والنوع الثالث كينازات. يتم تثبيط النوع III PI4-kinases بواسطة Wortmannin ، في حين يتم تثبيط النوع II PI4-kinases بواسطة الأدينوزين (Downing et al. ، 1996). توجد ثلاثة كينازات PI4 معروفة في الخميرة: Pik1p و Stt4p ، وكلاهما من النوع III PI4-kinases ، و LSB6 ، وهو النوع II PI4-kinase (Flanagan and Thorner ، 1992 Flanagan et al. ، 1993 Han et al. ، 2002 شيلتون وآخرون ، 2003 Audhya وآخرون ، 2000). تحتوي خلايا الثدييات على نوعين من النوع III PI4-kinases ، PI4KIIIβ و PI4KIIIα ، واثنان من النوع II PI4-kinases ، المسمى PI4KIIα و β (Minogue et al. ، 2001 Barylko et al. ، 2001 Balla et al. ، 2002 Wei et al. ، 2002). At least three of these kinases, PI4KIIα, PI4KIIIα and PI4KIIIβ are localized at the Golgi complex (Wang et al., 2003 Wong et al., 1997 Godi et al., 1999), where they contribute to the local production of PtdIns(4)ص (Balla et al., 2005). The best characterized kinase so far is PI4KIIIβ, which is recruited to Golgi membranes by active GTP-bound ARF1 and seems to control the structural integrity of the whole Golgi complex (Godi et al., 1999). However, ARF1 itself has only a small direct effect on lipid kinase activity (Haynes et al., 2005). A noted activator of PI4KIIIβ is the neuronal calcium sensor-1 (NCS-1), also known as frequenin, which can exert bidirectional effects on PI4KIIIβ by either directly activating the lipid kinase or inhibiting the activation by ARF1 (Zhao et al., 2001 Haynes et al., 2005). However, the ability of endogenous frequenin to interact and stimulate PI4KIIIβ remains to be defined. In mammalian cells, regulation of PI4KIIIβ lipid kinase activity at the Golgi complex is controlled by members of the Protein Kinase D (PKD) family of serine/threonine kinases (Hausser et al., 2005). PKD localizes to specific TGN domains and plays a crucial role in the formation of post-Golgi transport carriers, possibly by controlling the fission of vesicles (Liljedahl et al., 2001). Both, PKD1 and PKD2 activate PI4KIIIβ by phosphorylation of Ser294. The inhibition of PKD-mediated phosphorylation at this residue significantly reduces PI4KIIIβ lipid kinase activity and affects transport of secretory proteins to the plasma membrane (Hausser et al., 2005). Therefore, among other mechanisms, PKD might control the fission of vesicles by the regulation of the PtdIns(4)ص levels at the Golgi compartment. Golgi-localized PtdIns(4)ص selectively recruits adaptor proteins, such as FAPP1 and FAPP2, which appear essential for control of constitutive Golgi-to-cell-surface membrane traffic (Godi et al., 2004). Moreover, PI4KIIIβ was reported to be required for recruitment of active rab11 to the TGN (de Graaf et al., 2004). Taken together, there is substantial experimental evidence for PI4KIIIβ being an important player in inositol signalling and regulation of secretory transport processes at the Golgi compartment. Besides this function, recent studies postulate an essential role for PI4KIIIβ in nuclear inositol signalling, too: Upon inhibition of nuclear export with leptomycin B, PI4KIIIβ accumulated in the nucleus, suggesting that the lipid kinase rapidly shuttles between the nucleus and the cytoplasm in a Crm1-dependent process. The presence of two nuclear localization sequences (NLS) and one nuclear export sequence (NES) located in the N-terminal part of the protein are the molecular basis for the observed nucleo-cytoplasmic shuttling (de Graaf et al., 2002 Strahl et al., 2005).

Here we report a novel interaction between human PI4KIIIβ and the multifunctional 14-3-3 proteins. These proteins are small, acidic, ubiquitous molecules that recognize phosphorylated serine/threonine residues in a context-specific manner (Dougherty and Morrison, 2004). In mammals, there are seven highly homologous family members designated with Greek letters (β, ϵ, γ, η, σ, τ, ζ), that bind to many different types of proteins, including cell cycle regulators, transcription factors, and proteins involved in signalling and apoptosis (Bridges and Moorhead, 2004). In this study, we provide evidence that PKD-mediated phosphorylation of PI4KIIIβ at Ser294 induces 14-3-3 binding to this site, whereby lipid kinase activity is maintained through 14-3-3-mediated protection from dephosphorylation.


3.3: Vectors - Biology

Dot Products and Projections

The Dot Product (Inner Product)

There is a natural way of adding vectors and multiplying vectors by scalars. Is there also a way to multiply two vectors and get a useful result? It turns out there are two one type produces a scalar (the dot product) while the other produces a vector (the cross product). We will discuss the dot product here.

The dot product of two vectors a =<a_1,a_2,a_3> and b =<b_1,b_2,b_3> is given by

An equivalent definition of the dot product is

where theta is the angle between the two vectors (see the figure below) and | c | denotes the magnitude of the vector c . This second definition is useful for finding the angle theta between the two vectors.

مثال

The dot product of a =<1,3,-2> and b =<-2,4,-1> is

which implies theta=45.6 degrees.

An important use of the dot product is to test whether or not two vectors are orthogonal. Two vectors are orthogonal if the angle between them is 90 degrees. Thus, using (**) we see that the dot product of two orthogonal vectors is zero. Conversely, the only way the dot product can be zero is if the angle between the two vectors is 90 degrees (or trivially if one or both of the vectors is the zero vector). Thus, two non-zero vectors have dot product zero if and only if they are orthogonal.

مثال

<1,-1,3> and <3,3,0> are orthogonal since the dot product is 1(3)+(-1)(3)+3(0)=0.

One important use of dot products is in projections. The scalar projection of b onto a is the length of the segment AB shown in the figure below. The vector projection of b onto a is the vector with this length that begins at the point A points in the same direction (or opposite direction if the scalar projection is negative) as a .

Thus, mathematically, the scalar projection of b onto a is | b |cos(theta) (where theta is the angle between a and b ) which from (*) is given by

This quantity is also called the component of b in the a direction (hence the notation comp). And, the vector projection is merely the unit vector a /| a | times the scalar projection of b onto a :

Thus, the scalar projection of b onto a is the magnitude of the vector projection of b onto a .

Suppose you wish to find the work W done in moving a particle from one point to another. From physics we know W=Fd where F is the magnitude of the force moving the particle and d is the distance between the two points. However, this relation is only valid when the force acts in the direction the particle moves. Suppose this is not the case. Let the force vector be F =<2,3,4> and the displacement vector be d =<1,2,3>. In this case, the work is the product of the distance moved (the magnitude of the displacement vector) and the magnitude of the component of the force that acts in the direction of displacement (the scalar projection of F onto d ):

Thus, the work done by the force to displace the particle from say the origin to the point (1,2,3) is

Note that this is the easiest way to compute the dot product since the angle between the vectors F and d is unknown.


3.3: Vectors - Biology

يتم توفير جميع المقالات المنشورة بواسطة MDPI على الفور في جميع أنحاء العالم بموجب ترخيص وصول مفتوح. لا يلزم الحصول على إذن خاص لإعادة استخدام كل أو جزء من المقالة المنشورة بواسطة MDPI ، بما في ذلك الأشكال والجداول. بالنسبة للمقالات المنشورة بموجب ترخيص Creative Common CC BY ذي الوصول المفتوح ، يمكن إعادة استخدام أي جزء من المقالة دون إذن بشرط الاستشهاد بالمقال الأصلي بوضوح.

تمثل الأوراق الرئيسية أكثر الأبحاث تقدمًا مع إمكانات كبيرة للتأثير الكبير في هذا المجال. يتم تقديم الأوراق الرئيسية بناءً على دعوة فردية أو توصية من قبل المحررين العلميين وتخضع لمراجعة الأقران قبل النشر.

يمكن أن تكون ورقة الميزات إما مقالة بحثية أصلية ، أو دراسة بحثية جديدة جوهرية غالبًا ما تتضمن العديد من التقنيات أو المناهج ، أو ورقة مراجعة شاملة مع تحديثات موجزة ودقيقة عن آخر التقدم في المجال الذي يراجع بشكل منهجي التطورات الأكثر إثارة في العلم. المؤلفات. يوفر هذا النوع من الأوراق نظرة عامة على الاتجاهات المستقبلية للبحث أو التطبيقات الممكنة.

تستند مقالات اختيار المحرر على توصيات المحررين العلميين لمجلات MDPI من جميع أنحاء العالم. يختار المحررون عددًا صغيرًا من المقالات المنشورة مؤخرًا في المجلة والتي يعتقدون أنها ستكون مثيرة للاهتمام بشكل خاص للمؤلفين أو مهمة في هذا المجال. الهدف هو تقديم لمحة سريعة عن بعض الأعمال الأكثر إثارة المنشورة في مجالات البحث المختلفة بالمجلة.


    your two parts and construction plasmid. your two parts and destination vector with the following enzymes
    • Prefix part with EcoRI and SpeI
    • Suffix part with XbaI and PstI
    • Construction vector with EcoRI and PstI
  1. Purify the restriction digest.
    • For parts < 200 bp in length, do a Knight:Micropure EZ and Microcon purification (or alternatively an Ethanol precipitation of small DNA fragments). All other parts and the construction vector can be purified using a QIAquick PCR purification kit or Qiagen Minelute PCR Purification Kit (elutes in a smaller volume giving greater concentration of the DNA).
    the two parts and construction vector together. (Endy lab protocol) the ligation product. (See also Electroporation or another chemical transformation.)
  2. Analyze the transformation with single colony PCR followed by agarose gel electrophoresis.
    • In rolling, large scale assembly, this step is omitted.
    clones that generated a band of the appropriate size. the clone.

Obtaining materials

استكشاف الأخطاء وإصلاحها

  1. If the transformation rate is too high, then the possibility arise that a clone will contain two plasmids: the correct assembled plasmid and one of the parent "part" plasmids. Therefore, it may be necessary to screen the transformed clones for resistance to the parent antibiotic resistance markers. In most assemblies done with this method to date, this does not occur however it has been seen occasionally.
  2. Another common mechanism for failure involves a piece of genomic DNA being cloned into the construction plasmid. This result typically occurs when the assembly is somehow unfavorable to the cell. This issue can be partially checked via the colony PCR step in the protocol though if the genomic DNA is of the same size as your assembly, then the single colony PCR screen is ineffective. A careful purification of the construction plasmid can help to avoid this result as can phosphatase treatment of the linear construction plasmid.
  3. 3A assembly has been done using the protocols linked above. However, in all likelihood, the above protocols can be replaced with your lab's version and the whole process should work just fine.
  4. In debugging the use of 3A assembly by folks in other labs, a common difference between other folks and myself seems to be the amount of DNA used in ligation reactions. Typically, I (who?) digest either 500ng DNA of both parts and the destination vector. Each digestions takes place in a volume of 50μL. This digest is then purified via either Microcon centrifugal filtration (for parts < 200bp) or Qiagen minelute PCR purification (for parts > 200bp) into a volume of 20μL or 10μL respectively. The ligation mixture generally has 2μL of destination vector and

مراجع

  • This page is intended as a replacement for the original static webpage describing 3A assembly. This page contains a more systematic analysis of the incorrect ligation products that may result from this assembly process.


شاهد الفيديو: الثالث الثانوي العلمي علم الأحياء النسيج العصبي (يونيو 2022).


تعليقات:

  1. Khan

    كلمة الشرف.

  2. Wake

    أحسنت ، يا لها من إجابة رائعة.

  3. Johanne

    هذا مجرد فكرة رائعة.

  4. Cruadhlaoich

    جعلك لا تبتعد. ماحدث قد حدث.

  5. Aubrey

    في رأيي ، المعنى يتجلى من الرأس إلى أخمص القدمين ، قام المؤثر بضغط كل ما في وسعه ، وذلك بفضله!

  6. Sedgeley

    هذه الحجة ببساطة لا تصدق

  7. Kerrick

    في ذلك شيء وإنما هي فكرة ممتازة. وهي على استعداد لدعمكم.



اكتب رسالة